鄭成功來台臺後，興建了多所玄天上帝廟宇。而臺南北極殿所在的鷲嶺，則是承天府四坊（清臺灣府城一帶）地勢最高之處。據說北極殿所在地在荷蘭時期曾是一間漢醫館，鄭軍攻臺時佔有此處以醫治傷兵，後來即將此醫館改建成北極殿。
臺南北極殿確切的建立年代不詳，清代方志多用「偽時建」一詞帶過。但因為有寧靖王匾的落款年份，所以可知在1669年(永曆23年)以前北極殿已經存在。
進入清朝之後，玄天上帝信仰的地位受到影響，據說清朝更刻意推廣媽祖與關聖帝君信仰，並編造屠宰業之神話故事加以打壓。不過首任臺灣府知府蔣毓英仍在1685年(康熙24年)捐俸整修，之後在1709年(康熙48年)當地居民重建。此時廟宇周邊有寬廣的空地，且廟宇左邊是車路要道。但後來有林天生、楊養兩人佔地興建店屋，後來官府判決兩人每年要給廟方地租番銀四兩，而上帝廟周邊20間店屋也要每年繳地租，因此在1729年(雍正8年)3月立碑上帝廟店屋地租碑記公告。而後在1795年(乾隆50年)有鄉賓黃世景重修，但過程有些狀況，三年後由知府楊廷理續成，並追討遭到侵佔的廟地。
然後，在1790年(乾隆55年)有廟後居民馬梓增築房屋侵佔廟地，當時的值年爐主郭友等人乃向當時的知縣仇賦苹提出控告，最後判罰番銀40元，且每年要繳地租。次年（1791年）七月，應郭友等人的請求，官方同意立「大上帝廟示禁碑」將此事公告，以示警惕。
1804年(嘉慶9年)，當地居民方相、林慶雲、蔡光準等人再次修廟，且在廟後興建公館（又稱桐山營公寓）供桐山營班兵暫住。
1935年(道光15年)，因廟宇倒塌多年，再次重修，桐山營班兵也有參與此次工程。這次重修也有順便整修公館，且為怕後人不知來歷，有官兵長期占住或占為己有，乃立約要如何管理，以〈大上帝廟四條街桐山營公眾合約與〈大上帝廟桐山營四條街公眾合約〉二碑。
1854年(咸豐4年)再修，而也是在此時「北極殿」取代了「上帝廟」知名出現在石碑上。
1863年(同治2年)北極殿再次重修，是清朝最後的整修記錄。
到了，日本時期，1907年(明治40年)拓寬竹子街（今民權路）成9公尺道路，拆毀了北極殿前殿，在1911年(明治44年)簡單修繕。
到了，1920年(大正9年)重修，次年（1921年）正殿落成，1923年(大正12年)修後殿，1927年(昭和2年)完工。
二次大戰後，北極殿在1947年(民國36年)二月到九月重修，之後在1958年(民國47)年再修，1962年(民國51年)又有小修。
但在1964年(民國53年)因為將民權路拓寬到15公尺，又拆毀了前殿，遂在1969年-1971年(民國58-60年)重修，成了今天廟宇緊鄰街道的景象。而後在1977年(民國66年)與1981年(民國70年)，北極殿又有稍作修繕。
在北極殿斜對面的福德祠，原屬北極殿的廟產，一百年前開始租賃他人，原本只有亭仔腳有人擺攤，後來整座祠成為店面。北極殿一度將土地公迎回供奉在後殿東廂，並向店家追討回福德祠的地。原本店家不願搬走，但後來據說有天半夜屋頂垮下來，店家遂連夜搬走，土地因而順利要回。而後北極殿將舊有建築拆除改建回福德祠，工程於2013年(102年)完工。
鷲嶺，海拔14公尺，早年府城的最高處。有句老諺「上帝廟砛墘，水仙宮簷前」，是說位於鷲嶺緣的大上帝廟前的石階與大西門外的水仙宮廟的屋簷等高。
現要步入大上帝廟，需登七層階梯，主因是日治時刻意緩和街道的坡度，民國後為建騎樓而拆除前殿。
北極殿的柱皆漆烏黑,並無雕刻，因為北極殿雖然建於鄭成功時期，但並不是祀明帝之宗廟，所以沒有龍柱，又因為主神司北天玄武七宿北天色玄，所以柱子為烏黑，與全台各廟寺多為紅色有異。
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