相傳在明朝末年有一位信女，敬奉一幅關聖帝君的畫像，有一天突然刮起一陣強風，將放在屋外曝曬的畫像吹走，，信女隨即請人追尋，追到了鹽水港新街（現今武廟路），發現畫像掛在大榕樹上，於是連忙趕回麻豆向雇主告知，一同到鹽水港處理。
奇怪的是，當這位信女爬上大榕樹想要取回畫像時，竟然拿不下來。
很快附近的居民也都圍了過來，在圍觀的人群中有位耆老建議：是否關聖帝君要移駕鹽水接受居民的奉祀？
於是就點香擲筊詢問，證實關聖帝君想要移駕鹽水港。當地居民與麻豆信女集資搭建了一座木質小廟宇，就是現今鹽水武廟的前身。
鹽水武廟就位於台南市鹽水區武廟路上，主祀關聖帝君，又稱文衡帝君，當時鄭成功部將何積善、范文章、參謀陳永華的次男陳漢光及台澎兵備道梁文科等，看到當時的武廟簡陋狹小，在1668年（康熙7年）倡議集資擴大興建。
在乾隆年間，居民曾修建過一次
1799年（嘉慶4年）鹿港商人林文濬出資擴大改建，目前還留下一個巨大梁籤，這裡有一段傳說故事。
彰化鹿港日茂行林文濬，因為鹽案帳目不清，被台南府召喚，在前往台南的路上，心煩意亂無計可施之際，在夜晚進入睡眠時夢到一位自稱月港關老的幫助，指出帳目上的錯誤，林文濬非常感激，便詢問到：先生是何人？對方答我乃月港關老。對方尚未將話說完，就醒來了。
之後鹽案一事平安度過，林文濬在回程途中順道去了月港（鹽水）尋找這位關老，但遍尋了鹽水街上並沒有姓關的人家，這是，有一人突然告知：我們這裡有關帝廟，但沒有姓關的人家。林文濬才煥然大悟，原來是關帝爺顯靈幫助他度過難關，因此便前往關帝廟叩謝，到了才發現，關帝廟十分簡陋，於是決定出資四千大銀重修。
但身上的金錢不足，所以就到街上尋人借款，但無人願意伸出援手，只有居住在新營的沈姓人家原因慷慨出借。
林文濬回到鹿港之後就派人運送四千一百大銀還給沈氏，一百是利息錢，但沈氏將這四千一百大銀完全捐出給武廟不願收這利息錢。
某天，新營沈氏人家被奸人陷害，僕人快馬前往鹿港求助林文濬，林文濬馬上告知：在你抵達月港前，事情一定辦妥，果然僕人回到月港後，主人已經平安無事歸來。
1803年（嘉慶8年）奉政大夫林元品獨自捐獻四千一百大銀，擴大規模重新改建，並建後殿佛祖廳，奠定現今廟宇的規模。
1828年（道光8年）董事李怡成、曾長源、陳學古、蘇春山、林協泰、謝源美、黃長順、林源興、曾兆期等發起募資修建
1875年（光緒元年）廟宇不堪風雨侵蝕，漸漸破損，於是又集資整修廟貌。
二次世界大戰末期，關帝爺顯靈，透過乩童預言美軍將來轟炸，要鹽水居民小心謹慎，有一人將這個消息告知當時的日本政府，說乩童是美軍的間諜，結果關帝爺發怒，重懲此人，一回到家就吐血死亡。等到美軍來轟炸的時候，有一朵烏雲遮在廟宇的上空，居民們都躲入廟內平安無事。
現今所見武廟的樣貌，是1972年(民國61年)重建的，所幸許多文物都有保留下來。
後殿是1983年(民國72年)重建，是三層樓建築，一樓是玉蓮寺、二樓五恩主殿、三樓凌霄寶殿。
廟前廣場立有一尊高達32尺的關聖帝君像，手持青龍偃月刀，散發一股忠義之氣。
武廟更是鹽水蜂炮的發源地，每年蜂炮遶境隊伍都是由這裡出發。
三川門前的柱連、楚石，正殿拜亭前雙龍抱珠的石階都是創建時的遺物。
鹽水武廟
奉祀：關平帝君、周倉將軍、觀音佛祖、註生娘娘、福德正神、呂純陽祖師、聯聖帝君、岳府千歲、文昌帝君、司命真君、玉皇上帝、南斗星君、北斗星君
地址：臺南市鹽水區武廟路武廟里7鄰87號
創建年代：1668年（康熙7年）以前
目前建築年代：1972年(民國61年)
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